缺点
网络应用程序强调浏览器的适用性。如果浏览器方没有提供特定的功能，或者弃用特定的平台或操作系统版本（导致不适用），就会影响大量用户；
网络应用依靠互联网远程服务器端的应用文件。因此，当连接出问题时，应用将不能正常使用。但是，如果使用HTML5 API，这些应用就可以被下载安装而可离线使用。Google Gears，就是一个好例子；
许多网络应用程序不是开源的，只能依赖第三方提供的服务，因此不能针对用户定制化、个性化，而且大多数情况下用户不能离线使用，因而损失了很多灵活性；
它们完全依赖应用服务商的可及性。如果公司倒闭，服务器停止使用，用户也无法追索以前的资料。对比而看，即使软件制造商倒闭了，传统的安装软件也可以继续运行，尽管不能再更新或有其他用户服务；
相似地，提供方公司对软件和其功能有了更大的控制权。只要他们愿意就能为软件添加新特性，即使用户想等bugs先被解决再更新。跳过较差的软件版本也不可能了。公司可以强加不受欢迎的特性给用户，也可以随意减少带宽来削减开支。当然，公司会尽量地讨用户欢喜――只在有竞争者提供更好的服务与方便的转接性的情况下。否则用户别无选择，只能默默承受；
公司理论上可以检索任何的用户行为。这有可能引起隐私安全问题。
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